GMP無菌車間在對藥品進行制備的時候是有其自身的優勢的，但是這個優勢，GMP車間想要達成如此高的藥品合格率，對于自身的環境要求自然也是相當苛刻的，大致的一些影響包括整體的環境，用水，操作者也較大可能造成環境的污染狀況，造成GMP不達標，從而影響藥品的制備。

大致的一些會影響到GMP無菌車間環境的因素如下：

1、空氣微生物

我們都知道空氣中蘊含著許多的微生物和細菌，這也是為什么人們會生病的重要原因，而在空氣中，污染的來源其實主要就是人，以及類似汽車尾氣，化工業等污染，因此對于GMP無菌車間來說，這些氣體中含有的細節有害成分是肯定得隔絕掉的。

2、水中微生物

在GMP無菌車間進行制備的流程中，水可以說的非常常見的一種，按理來說，對于微生物在純水里面生長是有難度的，不過水即便是經過很好的過濾或者一些凈化處理之后，其中存在一些可溶性成分也是非常正常的狀況，而此類的微生物或滋生。

3、外界依附的微生物

類似工廠房子外表，包括裝置的外部，以及一些容器內外都可能滋生，因此，在制備之前需要對藥品制備的裝置來進行清潔殺菌處理。

4、人體攜帶

對于人體本身，皮膚的新陳代謝，著裝上掉落的纖維，棉絨，或者說頭發等等都可能會造成GMP無菌車間內部的環境污染，因此在進入GMP無菌車間之前需要進行自我清潔以及專門的服裝的搭配。