潔凈室主要根據室內潔凈度、氣流形式、控制對象、室內凈高和結構特點分類。按室內潔凈度分類主要分為10級、100級、10000級、100000級。按氣流形式分類分為單向流、矢流式和亂流式。按控制對象分類分為工業潔凈室和生物潔凈室。前者以空氣中的懸浮塵埃為控制對象，后者以懸浮生物粒子(微生物)為控制對象。按室內高度分類，分為低層潔凈室和高層潔凈室。前者室內凈高低于3m，后者超過3m。

工業潔凈室以無生命微粒的控制為對象。主要控制空氣塵埃微粒對工作對象的污染，內部一般保持正壓狀態。它適用于精密機械工業、電子工業（半導體、集成電路等）、航空工業、高純度化學工業、原子能工業、光磁產品工業（光盤、膠片、磁帶生產）、LCD（液晶玻璃）、電腦硬盤、電腦磁頭生產等多行業。

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