按工藝要求維持潔凈室與周圍空間一定的微小差壓，可正壓或負壓。微差壓可通過送風口，回風口或余壓閥來控制。

壓差控制在凈化空調系統中是一個非常重要的環節。只有通過對凈化區域的壓差進行控制，保證合理的氣流組織，才能達到凈化和工藝的要求。

例如潔凈廠房必須保持一定的正壓使外界未經凈化的空氣不會進人凈化區域，保證潔凈級別；并且通過對各凈化區域的不同的壓差控制，達到凈化分區的作用，在GMP中就要求不同凈化級別區域的壓差應得到控制不小于+5Pa。在生物安全潔凈室中，壓差控制更是保證安全防護屏障的關鍵手段，《生物安全實驗室建筑技術規范》要求必須使實驗室的負壓梯度得到穩定可靠的控制。因此對于凈化空調系統來說，壓差控制是非常重要的。

根據《潔凈室設計規范》（以下簡稱《規范》），潔凈室室內壓力保持高于外部壓力，則為正壓潔凈室：反之稱為負壓潔凈室。正壓與負壓是相對而言的，一個潔凈室對大氣而言是正壓潔凈室，但對另外一個房間而言可能是負壓潔凈室。《規范》規定不同等級的潔凈室以及潔凈區與非潔凈區之間的壓差不小于5Pa，潔凈區與室外的壓差不小于 10Pa。潔凈室內走廊與非潔凈區至少維持30Pa正壓壓差。這種壓差建立的基本原理是送風量大于回風量、排風量、滲漏風量來實現的。

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